I voli da e per Milano Malpensa rivestono un ruolo primario per tutto il nord Italia vista la connotazione internazionale dell'aeroporto.
Da Milano Malpensa è possibile raggiungere tutti i continenti e nello specifico con oltre 200 rotte e oltre 80 compagnie aeree normalmente operanti sullo scalo vengono raggiunte quasi tutte le capitali dei principali paesi del mondo.
Italia
Alghero (AHO) - Ancona (AOI) - Bari (BRI) - Bologna (BLQ) - Brindisi (BDS) - Cagliari (CAG) - Catania (CTA) - Crotone - Firenze (FLR) - Foggia (FOG) - Genova (GOA) - Lampedusa (LMP) - Lamezia Terme (SUF) - Napoli (NAP) - Olbia (OLB) - Palermo (PMO) - Pantelleria (PNL) - Perugia - Pescara (PSR) - Pisa (PSA) - Reggio Calabria (REG) - Rimini - Roma Fiumicino (FCO) - Trapani (TPS) - Trieste (TRS)
Regno Unito
Belfast - Birmingham - Bristol (BRS) - East Midlands (EMA) - Edimburgo (EDI) - Liverpool (LPL) - Londra City (LCY) - Londra Gatwick (LGW) - Londra Heathrow (LHR) - Londra Stanted (STN) - Londra Luton(LTN) - Manchester (MAN)
Germania
Berlino (SXF) - Colonia (CGN) - Düsseldorf (DUS) - Francoforte (FRA) - Amburgo (HAM) - Hannover (HAJ) - Monaco di Baviera (MUC) - Norimberga (NUE) - Stoccarda (STR)
Francia
Bordeaux (BOD) - Lourdes - Lione (LYS) - Marsiglia (MRS) - Nantes (NTE) - Nizza (NCE) - Parigi Beauvais (BVA) - Parigi Charles de Gaulle (CDG) - Parigi Orly (ORY) - Tolosa (TLS)
Paesi Bassi - Olanda
Amsterdam (AMS) - Rotterdam (RTM)
Spagna
Alicante - Barcellona (BCN)- Bilbao - Fuerteventura - Ibiza - Madrid (MAD) - Malaga (AGP) - Palma di Maiorca - Siviglia (SVQ) - Tenerife - Valencia (VLC)
Lussemburgo
Lussemburgo (LUX)
Belgio
Bruxelles - Brussels (BRU)
Austria
Portogallo
Albania
Tirana (TIA)
Svezia
Stoccolma (NYO)
Grecia
Atene International (ATH) - Mikonos - Rodi - Salonicco - Santorini
Ungheria
Budapest (BUD)
Romania
Bucarest (OTP)
Repubblica Ceca
Praga (PRG)
Danimarca
Copenhagen (CPH)
Finlandia
Helsinki (HEL)
Lettonia - Latvia
Riga (RIX)
Russia
Mosca (DME) - San Pietroburgo (LED)
Irlanda
Bulgaria
Polonia
Norvegia
Malta
Malta (MLA)
Turchia
Istanbul (IST)
Svizzera
Basilea (BSL) - Ginevra (GVA) - Zurigo (ZRH)
Ucraina
Kiev Borispol (KPB) - Lviv (LWO)
Medio Oriente
Abu Dhabi - Dubai - Doha - Tel Aviv (TLV)
Egitto
Cairo (CAI) - Luxor (LXR) - Sharm el Sheik (SSH)
Africa
Agadir - Casablanca Mohamed V.(CMN) - Marrakech - Tripoli - Tunisi (TUN)
USA
Atlanta - Chicago - Miami - New York J.F.K. (JFK) - Los Angeles - Philadelphia
Canada
Asia
Seoul - Shanghai - Singapore - Tokyo Narita
Voli Malpensa Nazionali - Internazionali
